混迹市井街头的小燕子，和多才多艺的紫薇，偶然在京城相识相惜，然而命运弄人，假格格小燕子迷糊的进入皇宫成为“还珠格格”，真格格紫薇心碎的进入学士府，两人阴错阳差交换了身分。进宫后的小燕子，发现和自己在街头打过一架的“洋鬼子”，竟是宫廷画师班杰明，小燕子担心班杰明暴露她的真实身分，于是和班杰明在宫廷里发生许多“猫捉老鼠”的趣事，班杰明也在这些“奇妙的交手”中，深深被小燕子独特的魅力所吸引。
和班杰明情同手足的五阿哥永琪，起先因射伤小燕子而深深内疚，接着发现小燕子是“假格格”而胆战心惊，然后，又被小燕子各种特立独行的行径和“意外”，弄得应接不暇。看到她坦率纯真，敢说敢做，不断挑战皇宫陋规，不禁为她大大倾倒。于是，永琪和班杰明之间，展开了一场微妙的“君子之争”。
尔康知道紫薇的真实身份，但见紫薇有家归不得，有父不能相认，不禁对紫薇心生爱怜，进而相知相许。从此，紫薇的世界，被深情的尔康填满。尔康带领紫薇走入两人专属的秘密基地，并在花海、草原、翠湖、幽幽谷……山山水水中，见证了两人的山盟海誓。
小燕子从街头卖艺的女子，变成皇宫里的格格，生活起居，食衣住行，全部无法适应，闹了一个又一个的笑话。…
（概述）乾隆年间，紫薇带婢女金锁及母亲生前留下的信物来京寻找生父。为向梁大人陈情，紫薇揽梁大人的轿子，梁大人派人把她和金锁拉下去，小燕子和柳青柳红上前相救。梁大人五十大寿时，小燕子扮演老太太带紫薇他们一起混进了梁府。紫薇向梁大人讲话被拒绝，梁冲看上了紫薇。小燕子拿了梁府的金银珠宝被发现，在梁府大闹一场后，小燕子柳青柳红他们跑回大杂院，和紫薇他们分开。
紫薇和金锁在街上看小燕子和柳青柳红他们在街头卖艺，看到演出深受感动的紫薇也捐了钱。看…
小燕子误会班杰明是来踢馆捣蛋的，冲他喊他在干嘛，洋画师告诉自己在画画，小燕子不信把球冲他扔了过去，不小心戏法也漏馅了，恼怒成羞，正要打他洋画师给她看了自己的画，几人很吃惊他的画技，但是小燕子生气他花自己和他打了起来，柳红柳青也来帮忙，却打不过他，即使班杰明努力说明他只是在画画，依旧是秀才遇到兵，有理说不清，结果在大街上发生一场不可思议的骚动，情势几乎不可收拾……这精彩的打斗赢得了观众的喝彩赚了很多钱。
小燕子和紫薇一见如故，相处甚欢，…
而乾隆见了小燕子身上所背之摺扇及烟雨图，则更是震慑，不但没将私闯围场的小燕子问罪，反倒将她带回了宫中，乾隆带着受伤的小燕子败兴而返紧急回宫，和小燕子在围场外失联的紫薇和金琐，看到皇家行色匆匆的队伍，和群众的议论纷纷甚感忧心，在街头到处打听小燕子的下落。得知小燕子被当成自己，不知所措。
乾隆嘱咐太医细心照料小燕子的伤势，永琪内疚自己的误伤，而班杰明却对小燕子充满好奇与疑问，两人虽各怀心事，但同样着急而热心的，就是要救活奄奄一息的小燕子。…
小燕子要向皇上解释，但由于病情严重，没有说成。皇上亲自喂药给小燕子，说她长到十八岁才见到爹，很可怜，以后自己一定要加倍补偿她，令妃在旁让她喊皇阿玛。小燕子心里暗想，等自己病好了一定把爹还给紫薇。乾隆的整颗心早己沈溺在当年和夏雨荷间山盟海誓的往事中，因此即使小燕子在对质的过程中有许多叙述不清的地方，乾隆仍旧认定了小燕子就是他失散多年的女儿。再加上由小燕子口中得知夏雨荷已过世的消息，更令他想藉着这个时机，好好的补偿小燕子多年来所欠缺父爱。…
班杰明跳入池塘狼狈的捞起他的宝贝画册，发现画册已毁，班杰明非常生气，小燕子跑来向他道歉，并问自己的那张画像毁了没，班杰明得意的告诉她那张没有在这个画册里。没多久，小燕子大喇喇的性格，使得她立刻就和三个年青人结成了好友。看到小燕子为隐藏自己冒牌的身分，对他挤眉弄眼又拜拜，知道在恳求他守密。众目睽睽下，他只能暗示“没问题”。
在大臣纪晓岚的建议下，小燕子以义女的名义，被乾隆封为“还珠格格”，并准备在祭天大典时，召告天下世人。
小燕子在令…
小燕子祭天时，隐约察觉队伍后面有人骚动，回宫后，又惊闻四个太监说，祭天时有几个人闹场。小燕子直觉与柳青、柳红、紫薇、金琐有关。带着忐忑不安的心情，急忙要求班杰明和永琪查明闹事者的身分，说闹事的那些人是他的哥们。两人被小燕子闹得无可奈何，只得出去打探。却不得要领。
福家为慎重起见，暂将紫薇金琐留在学士府保护，尔康释放了在游行中欲救紫薇而入狱的柳青、柳红兄妹。尔康随着柳青兄妹回到大杂院，柳青带尔康看了小燕子住的八年的地方，尔康很简单的说了…
侍卫赛威、赛虎将刺客小燕子五花大绑，带到皇后的景仁宫问罪，皇后终于抓到小燕子犯错的把柄，见猎心喜，让容嬷嬷教训小燕子，小燕子全身被捆绑得像粽子一般，无力还击，被容嬷嬷左右开弓，打了好多耳光。顿时大喊︰皇阿玛救命……皇后得意的看着她冷笑，好整以暇的说道︰进了景仁宫，皇上救不了你的命了！
漱芳斋的四个小太监，都豁出去，不顾一切，飞奔到延禧宫，跪地磕头，哭喊着求乾隆赶快去景仁宫，救救被抓走的格格，令妃也很焦急，让皇上赶紧赶去。
乾隆被惊醒…
小燕子被班杰明逮到，知道逃不掉了，觉得人人可以要她的脑袋，她又逃不出皇宫，不禁悲从中来，在班杰明面前落泪了。班杰明询问她是不是再找她的画像，如果是向他明说就可以了，实在不用这么费劲，小燕子告诉他自己担心他利用自己的画像告诉别人，他在宫外画过自己知道自己只是个卖艺的姑娘，班杰明知道了她的想法让她放心自己决不会告诉别人她的事情，小燕子很高兴。经过一场交心之后，两人在宫外的误会冰释，班杰明也向小燕子保证会全力保住她的脑袋。两人从此成为哥们。…
班杰明这才明白小燕子在捉弄自己，最后默然了"斑鸠"这称号，但不许她在别人面前卖弄，这时五阿哥来找小燕子说有话和她说，班杰明识趣的离开了，五阿哥和小燕子谈起了紫薇，说她有深度有涵养，对于这件事很伤心。
小燕子回到漱芳斋要给紫薇写信，却怎么也写不好，扔了满地废弃的纸。最后还搞了个大花脸，最后去找班杰明，告诉了他紫薇才是皇上的女儿，她才是真格格，但是自己却辜负了她，自己成了格格，她就是想办法把格格还给她。请求班杰明给自己画幅…
小燕子兴致勃勃的介绍了漱芳斋的侍者所有的特长。
五阿哥耐心的给小燕子讲道理，让她好好读书，班杰明看出永琪对小燕子很用心。
紫薇决定要离开福家，正当紫薇打算向福大人福晋道别的时候尔康来了听到了她的决定，紫薇告诉了他自己决定要回济南了，尔康带紫薇去了一个很美丽的地方，紫薇特别高兴，尔康为留住紫薇，忍不住地向紫薇告白了，尔康此举令紫薇震慑不已，居然点头答应留下，也不再掩藏彼此之间早已滋长的情愫。
皇后和几个小阿哥小格格玩的很开心，被路过…
小燕子糊弄过了皇上，经过半夜的折腾，皇上也累坏了让众人散了赶紧回去休息，小燕子得知是“四大才子”出的注意，大大的夸奖他们。
紫薇和尔康回到了大杂院，紫薇对柳青道歉，说自己有难言之隐，总有一天会告诉他所有的事情，刘青心里其实已经才猜出了事情经过，原谅了紫微，班杰明这是也过来了，替小燕子给他们送钱，但是刘青不分青红皂白和他打了起来，柳红也起哄，打完了居然说这是欢迎仪式，院子里欢腾一片，班杰明也觉得小燕子说得对，这些孩子比宫里的格格阿哥们快…
紫薇觉得小燕子进宫，让她们相遇是上苍赐予他们之间的缘分。
小燕子的礼仪学到说话时，故意骂容嬷嬷，但是容嬷嬷却不急不躁，说自己有的是时间等到她说对为止，最后教到吃饭的时候她实在受不了了，扔了格格的行头大嚷自己不干了，正在大嚷大叫时皇上和皇后来了，皇后责备容嬷嬷不好好教格格，小燕子对皇上说自己不干这个格格了，要头一颗，要命一条，皇上派人把她抓了起来打二十大板，五阿哥和尔康、令妃都替她求情，小燕子却说自己最大的错就是当这个格格，皇上震怒让人…
乾隆向小燕子道歉，又批评她不该记恨自己的父亲，堂堂一国之君，居然也低下身姿哄小燕子开心，终于溶解了小燕子心中的气闷和委屈。答应乾隆自己一定会好好吃药，也不会不听话了，但是说可能有天自己会让他失望又要被砍了脑袋的，乾隆觉得自己这次真的吓坏她了，心里很内疚。他离开的时候小燕子顺利的背出了四大才子是谁。
紫薇得知了小燕子挨打一夜无眠，五阿哥来到福大人府中和他们谈起了这件事，说小燕子太过莽撞不该和皇上顶撞，紫薇愈加担心小燕子，觉得她不会吃一堑…
五阿哥答应了小燕子，今晚就带小燕子出宫去，尔泰觉得这很冒险，但是却无法阻拦五阿哥和小燕子，只好舍命陪君子陪他们一起了。
到了晚上小燕子化装成太监，守卫看到是五阿哥和尔泰就放行了。出了宫小燕子兴奋地大喊大叫。班杰明去漱芳斋找小燕子，被小凳子他们告知小燕子被五阿哥出宫了，班杰明觉得五阿哥糊涂不该带小燕子出宫。
容嬷嬷告诉皇后，小燕子被五阿哥和尔泰办成小太监带出了宫，皇上和容嬷嬷一起去找皇上，要去漱芳斋。福晋让下人都退下，尔康去找紫薇来见…
郎画师责备班杰明最近东忙西忙，不好好画画，就是交不出皇后的画呢，班杰明却心不在焉的想小燕子过没过皇上那关，给郎画师端来他最喜欢的巧克力，郎画师顿时忘记了教训班杰明的事。
皇上来在御花园遇到了五阿哥和尔泰，说他们两真得闲，两人只说商量功课，皇上却不信，让他们早朝后去漱芳斋他要好好审问他们三个。
一大早班杰明就跑去漱芳斋问小燕子昨晚有没有过关，正赶上小燕子要出去找五阿哥尔泰商量对策，班杰明和她一起去了。
五阿哥和尔泰尔康商议，决定就说…
尔康说出了让紫薇进宫的目的是为了让皇上认可她，最后小燕子和她都成了格格，自己就可以名正言顺的让皇上赐婚。紫薇却觉得不妥，说万一皇上不愿意原谅小燕子，那可怎么办呢，尔康告诉她她进去了可以帮助小燕子，紫薇终于答应了。
班杰明被师傅花了个大花脸，让他好好在如意馆里呆着，最后为了给小燕子送巧克力想出了一个办法，剪了一绺头发，弄成胡子盖着被师傅花了的地方。
五阿哥和尔泰讲她不懂得词语，班杰明到了漱芳斋，被小凳子他们看到了特别的好奇，到了里面小…
紫薇和金锁去了大宅院，深夜敲门，柳青看到紫薇很吃惊，紫薇说自己走投无路只好回来了，请他不要告诉任何人她在哪儿，柳红询问她们到底怎么了，觉得是尔康欺负了紫薇要找他算账，被紫薇拦下，柳青为她们找了一个很隐蔽的地方。
尔康到处寻找紫薇，伤心不已，后来跑去了大宅院问柳青，柳青却不愿意告诉他，尔康好话说尽，依然得不到答案。尔康询问大宅院的孩子们，也问不出什么，只好离开了。
小燕子得知了紫薇离开的消息，十分焦灼，尔康询问紫薇老家的情况，小燕子告…
紫薇对尔康又是责备又是心疼，尔康希望她可以抛下那些包袱永远不要再离开自己，紫薇答应了他。这时尔康的马跑了过来，尔康带着紫薇回来了，大家看到他们都很高兴，看到尔康受伤都担心不已，拿来了绷带和药为他包扎。
尔康提出将紫薇送入宫中的想法，令众人大感惊愕不已，但尔康却认为，惟有让乾隆真正认识紫薇，并真心喜爱紫薇，小燕子和紫薇才有一同活命的可能，而自己和紫薇之间，也才能谈到未来。尔康的建议虽引起了众人的争议，但在无计可施下，似乎也惟有如此，才是…
通过令妃的帮忙，紫薇和金琐终于入宫，并于当日便见到了紫薇心心念念的生父乾隆，虽然乾隆对紫薇并未多加注意，但能和乾隆说上句话，便已令紫薇深深悸动不已，乾隆得知了福晋此次进宫是为了送宫女的，小燕子忙说紫薇是来自己来教自己学问，皇上便考了下紫薇，她知无不答，居然连很冷门的东西都可以回答的出来，尔康也为紫薇高兴。
小燕子带着紫薇和金琐得意忘形的在宫中穿梭，说紫薇很厉害什么都可以回答的出来，小燕子提议以后多出几个计策让皇上多注意紫薇，三人兴高采…
五阿哥提及他们这几人经常出现在漱芳斋，的确很奇怪，尔康也要让小燕子收敛点，不要总招惹麻烦，不一会儿皇后来到了漱芳斋， 她此番来到漱芳斋内，乃出自於对紫薇及金琐的好奇，顺便也给了小燕子一个下马威，趁着逮到紫薇的语病，便狠狠地打紫薇耳光。此耳光打得让小燕子气愤、尔康心疼、众人不忍，一场和皇后间的对立再度展开，正在容嬷嬷教训紫薇的时候，班杰明带着两个太监去了漱芳斋，路上被常太医拦着了，问他带的什么东西，要喝他的巧克力。
小燕子终于忍不住要打…