扬州妓女之子韦小宝出生市井，成日游手好闲的他对历史上英雄人物的了解全是由茶馆说书的口中得到了，更羡慕戏文中的英雄好汉。
为了做英雄，韦小宝凭一时之勇搭救了一个落难的江湖好汉茅十八。茅十八感激小宝援手，更因他缠纠不休，将他带到了都城北京，被老太监海大富私禁宫中冒充小太监。他施展诡计将老太监海大富弄瞎，又将小太监名叫小桂子的害死，从此他便冒充小桂子在宫中
做假太监。一日韦小宝赌博归来遇到一个自称小玄子的华服少年正在练武，便与他交上了手，这少年正是康熙帝玄烨。后与少年皇帝康熙成莫逆之交。顾命大臣鳌拜武艺高强、功高震主，为少年康熙所忌，为除掉鳌拜，康熙巧设计谋，让韦小宝率一群小太监以戏耍角力为名将鳌拜擒杀。韦小主智杀奸相鳌拜，大清皇帝固然龙颜大悦，反清帮会组织天地会也对他青眼相加，十三岁的韦小宝于一日之间竟成了天地会总舵主陈近南的关门弟子和地位甚高的天地会青木堂香主。韦小宝奉陈近南之命回宫卧底，一次他撞破了与邪恶帮会神龙教勾结的皇太后的隐秘，并从她口中得到了康熙之父顺治在五台山出家的消息，为防皇太后对小玄子不利，他将此事连同自己是冒牌太监一事告诉康熙。康熙闻听父亲尚在人间，又惊又喜，立即派…
少年韦小宝刁钻聪敏，为人口甜舌滑，乃市井之徒。自小随母居住扬州丽春院，韦春花出身青楼女子，与儿子韦小宝相依为命。
韦小宝从小听书听戏，更羡慕戏文中的英雄好汉，为了做英雄，他凭一时之勇杀了黑龙鞭史松，搭救了落难的江湖好汉茅十八。茅十八心里虽感激韦小宝援手，便嘴上却骂他用这种下三滥的手段，是江湖人最看不起的，韦小宝因杀史松不能在扬州呆下去，韦小宝向茅十八死缠不休，茅十八无奈，只好带他离开扬州，前往京城。
在京城酒店内韦小宝惹是生非，茅十八和…
韦小宝从此便冒充小桂子在宫中做假太监来服侍海老公公。海老公公用摇骰子来试探韦小宝。海老公叮嘱韦小宝去赌博时要把银子借给打扫上书房的温家哥俩。
一日，韦小宝赌博归来，不小心走进了比形厅偷食吃，正遇到一个自称小玄子的小太监来练武，韦小宝便主动上前与他交量，这少年正是小康熙帝玄烨，二人不打不相识。
韦小宝和小康熙从此成了好朋友，小康熙从韦小宝的身上拥有了属于自己年龄的生活，二人互吐心声，给小康熙带来了一段崭新的快乐童年。海大富早已识破韦小宝，…
海大富断定小玄子背后的师傅就是宫中高人，夜探慈宁宫探虚实，却看到皇太后在教小康熙练武。
小康熙一直在隐瞒自己身份的情况下和韦小宝玩起了泥巴仗，韦小宝陶醉在快乐之中，早已忘记了海老公公的重托，海老公公要韦小宝逼迫温家哥俩还银子，如还不上，就让他们哥俩带你到上书房见一见皇上，趁机偷一本叫《四十二章经》的书。
温家哥俩果然中了海老公公的计，就挑皇上不在的时候让小宝进上书房看了看。
大殿之上，鳌拜不满康熙维护苏克萨哈，为了显示自己的势力，以及给…
小康熙看见鳌拜对自己戒心消除，认为是消灭鳌拜好时机，小康熙巧设计谋，不露声色地召集布库房的小太监们来到书房，让鳌拜以为他安于逸乐，不闻朝政，于是寄情摔跤，让这群小太监以戏耍角力为名擒杀鳌拜，韦小宝陪伴在侧，见机行事突袭鳌拜。在皇上受到鳌拜的威胁时，韦小宝一招撒香灰让武艺高强的鳌拜摸不着头脑，被众太监用金丝钩擒住。
小康熙召来康亲王和索额图，并讹称鳌拜带刀行刺皇上为由，将鳌拜欺君犯上的罪名监禁，并下令抄家，派索额图和韦小宝到鳌家寻找四十二…
韦小宝得到太后赏赐，由宫女蕊初陪同小韦小宝吃蜜饯，小韦小宝乐在其中，对蕊初姐姐别有一番情义，约蕊初夜晚在后花院中一起吃蜜饯。
海大富准备动手杀了韦小宝之后，再去找皇太后讨说法。韦小宝见海公公入睡，悄悄起床要找宫蕊初约会，却被海公公拦下，逼问韦小宝说出是谁指使他潜伏在他身边的，是谁指使他毒瞎他的眼睛。海公公早就对韦小宝有疑心，每天在他喝的汤里下了毒，让他一天天的痛死过去，韦小宝抽出宝刀和海公公拼个死活，被海公公一掌打飞出门，海公公中刀发现…
鳌拜在牢中经常胡言乱语，康熙恐怕鳌之馀党反抗，暗示小宝将鳌拜消灭，当小宝正在暗杀鳌拜之际，巧遇天地会也前来刺杀鳌拜。韦小宝在误打误撞之下，将鳌拜杀死，却被天地会众人捉走。韦小宝看到天地会的英雄好汉将鳌拜首级祭祀亡灵时，搞不清楚是怎么回事，和天地会众好汉说起了他被掳进宫的事情，说起了茅十八……韦小宝怎么也没想到在天地会青木堂内能又遇到茅十八，才得以保住性命。
康熙知道韦小宝被捉，非常震怒，逼康亲王及索额图尽快寻回。
天地会誓言，谁杀了鳌拜…
皇上提到天地会让韦小宝心惊胆颤，捏着一把冷汗。
天地会徐天川神秘失踪，韦小宝被秘密召来拿主意，原来徐天川与沐王府双白因为谁是光复大业的正统而引起争执，导致徐天川伤重垂危，白寒松丧命。天地会认为沐王府为了寻仇而将徐天川捉走。
于是天地会钱老本将沐王府小郡主沐剑屏掳来送进宫中交给韦小宝看管，以免辱没了小郡主的身份。
小郡主“委婉的默许，特有的单纯”吸引了韦小宝，韦小宝和她玩起了少男少女的游戏。把小郡主摸成了一个大花猫的样子寻开心。
云南平西…
沐王府带着“大明山海关总兵府字样”的兵器进宫行刺，来诬陷云南平西王吴三桂。
皇太后决杀韦小宝以免有后患，但反被小宝所伤。沐王府等人被侍卫围攻，追杀到了韦小宝的住处，方怡因抵不过让众兄弟暂时躲避，在韦小宝房中的沐剑屏闻听刺客用其沐王府的暗号，并求韦小宝出手相救，带方怡师姐回房内疗伤。韦小宝为方怡疗伤仍不忘调戏一番，可在紧急关头，韦小宝还出手援助，让沐剑屏对他另眼相看。
皇太后杀韦小宝未能得手，又派收卖的宫中侍卫瑞栋来杀小宝，韦小宝洞悉是太…
路上，这帮太监的动机却被韦小宝机灵悉破，利用银票逃脱，太后无奈又亲自下手拦截韦小宝，韦小宝利用瑞栋花言巧语讹称已得悉太后秘密逼太后放手。韦小宝中了太后一掌化骨绵掌，回房赶紧把瑞栋的消尸灭迹，以免不测。
沐王府众人被抓，方怡担心师哥刘一舟，小宝地帮她打听。康熙问起小宝杀刺客的经过，小宝顺势称赞康熙教导武功有方，康熙推测刺客的招数非平西王府中人。康熙教小宝拿着刺客证物去敲诈吴应熊，趁机探其虚实，回宫后小宝将所见告诉康熙，康熙从中猜测吴三桂已…
韦小宝回宫后将反贼情况汇报给康熙，康熙心中早已有数，命韦小宝将刺客放走，以引出主谋。韦小宝牢中戏弄刘一舟，房中挑逗方怡，让方怡对他痛恨入骨，紧急时韦小宝却装出大丈夫的气魄帮助方怡，让方怡为之感动，写信给牢中的刘一舟师哥，让他们配合韦小宝救他们出去。刘一舟、吴立身见到韦小宝拿来方怡的字据和花押标记也都相信了韦小宝，配合韦小宝，假装要喝酒，韦小宝却不给喝，却让众侍卫喝，碰巧，皇太后派老太监董金魁来牢房找韦小宝，却被韦小宝也诬陷灌酒刺死，韦小…
方怡感谢韦小宝救出刘一舟。陈近南也抵京探望小宝，沐王府人等为答谢天地会相救与陈近南见面，惜双方各为其主，为太子正统问题再起争执，场面一触即发。陈近南提出先杀三桂的一方就可号令另一方手下恢复大明的协定，众和议。李西华出现和陈近南一战也要加入刺杀吴三桂之列。
韦小宝向康熙说出刺客之主谋及嫁祸太后所派的太监，康熙带小宝向太后请罪，太后借故留下小宝在身边。太后派柳燕跟小宝回房取四十二章经，方怡刺毙柳燕后与小宝、剑屏出宫，却遗下订情的珠钗，小宝回…
陶红英告诫韦小宝事事要小心，离去。韦小宝发现皇太后并没有死，知道以后很难躲过皇太后的毒手，决定向康熙讲出真相后便离去，于是将出身到入宫及至发现皇太后和海大富的对话一一告诉康熙，康熙得知韦小宝并不是太监之身并不气愤，而对太后的秘密不可相信，与小宝窥探皇太后，果然发现死去的宫女为男人所扮。康熙为怕打草惊蛇，只派小宝到五台山找顺治帝。
陶红英再次告诫韦小宝不能参和皇上和皇太后的事情，并告诉他四十二章经的秘密原由，和神龙教的势力，要他行事小心。…
韦小宝将得来的四十二章经藏在天地会马棚的棺材里，和方怡、沐剑屏告别后，前往山西五台山找顺治帝。
回石家庄途中，方怡碰到了刘一舟和吴师叔、敖师哥，夜间住店时，刘一舟偷听到方怡和沐剑屏二人互吐心丝，发现方怡的心倾向韦小宝，决杀韦小宝以解心头之恨，却反着了韦小宝道儿，受尽皮肉之苦，更在吴师叔、敖师兄和方师妹面前出丑，让方怡更加看不起刘一舟。
天降大雨，众人入破庙避雨，刘一舟见方怡与韦小宝态度亲昵，怒气再起。碰巧破庙倒塌，韦小宝等人又来到庄家鬼…
庄家鬼屋主人庄三少奶奶为报恩将双儿终生交托给韦小宝，双儿伤心告别庄家三少奶奶，跟随韦小宝前往五台山，做了韦小宝的护使。
双儿将自己的身世和庄家的事情都如实告诉了韦小宝，韦小宝发誓要帮双儿抓到吴之荣这个贼人，替她出气。
韦小宝乔装善信来到清凉寺见到方丈，要在这里做法事，遭到方丈的拒绝。韦小宝向方丈提出，他要亲手将母亲准备的礼物赠送给寺内众僧，方丈无奈只好应允，赠送礼物之时，却不见顺治踪影。正巧巴颜率众喇嘛借口要找被擒小喇嘛实捉顺治，却被小…
韦小宝夜潜顺治的山洞内，说服顺治暂时躲避喇嘛，却被玉林赶来阻止。巴颜又率喇嘛折返清凉寺，幸少林寺四大金刚及十八罗汉赶至，将他们击退。顺治交给韦小宝一本四十二章经，着其转交康熙，并要他谨记“永不加赋”四字。小宝与双儿下山时遇到神龙岛胖头陀，韦小宝被擒及被迫交出经书，幸四大金刚及众罗汉相救，并沿途护送返京。
韦小宝将顺治的四十二章经收藏在京城一客栈内，又带双儿游市集，却误上了胖头陀安排的“贼车”被拉往郊外。韦小宝与方怡重遇，方怡态度异常变化…
方怡把韦小宝骗上岛，洪夫人并不守约把解药给于方怡和沐剑屏，方怡才知自己中了圈套，暗骂自已骗小宝。
神龙大殿上，陆高轩、胖头陀带着韦小宝见过了教主夫人苏荃，韦小宝的花言巧语惹得洪夫人开心逃过了一劫。也得悉神龙教派人假扮太后潜服宫中十多年，企图盗取大清命脉藏宝图。教主夫人苏荃为四十二章经一事要赐死锺志灵，志灵反抗，正碰灵蛇吐雾，众人顷刻纷纷倒下。陆高轩指使韦小宝杀死洪安通与洪夫人苏荃，却被人群中的沐剑屏制止。小宝才得知沐剑屏中了洪教主的毒，…
京城内，韦小宝将陆高轩瘦头陀二人和双儿分别安顿，自行入宫，向康熙汇报一切，遇建宁闯入要康熙和她比武，康熙妄称韦小宝是自己的徒儿，建宁公主要韦小宝陪她一起玩。
建宁公主无理取闹，令到宫女及侍卫退避叁舍，对韦小宝一顿拳打脚踢，强迫韦小宝一起玩，且烧了韦小宝的辫子，小宝气愤之下痛打建宁，但建宁非但不怕反而欢喜，原来她有被虐狂。康熙看到韦小宝被建宁打得遍体鳞伤，有些内疚。
次日，韦小宝又来到建宁寝宫，享受建宁的服侍，做起了桂贝勒。正好让赶来的太…
康熙连升韦小宝品级，是要派韦小宝上少林寺当和尚，韦小宝烦恼也无济于事，只好乖乖地安排好陆高轩和胖头陀在京等待，带着双儿前往少林寺。途中，遇到王屋派偷袭军营，却被小宝用掷骰子制服，刺客中却有一位美貌姑娘柔让韦小宝顿生好感，特意放走各人，令曾柔对他生出爱慕之心，要求韦小宝把手中的掷子送她留作纪念。
韦小宝剃度为僧让双心伤心，韦小宝委托张康年把双儿安置在山下等他。韦小宝在少林寺度日如年，一日，韦小宝出寺闲逛，竟碰到天下美女阿珂和阿琪在水中嬉戏…
阿珂被老和尚澄观救起，带到少林寺中养伤，韦小宝却受到了方丈大师和师叔祖们的审训，韦小宝说自己是因为自卫才不小心抓了她的胸部，并不是有意。
韦小宝要澄观师侄帮他破解阿珂姑娘的招数，澄观的回答让韦小宝伤透了脑筋，夜间，阿珂不顾伤口离开寺庙，在少林寺附近等待韦小宝出寺找他算帐，韦小宝因阿珂走后，无聊之际来到山下一所妓院，他内行的口调让妓院老板对他百依百顺，配合韦小宝男扮女装逃过阿珂和阿琪的双剑。
韦小宝躲在寺中不敢再出来，去向澄观师侄求助，二…
阿珂师姐阿琪带着蒙古王子葛尔丹一行人来少林寺挑衅，要少林寺交出阿珂，吴三桂手下的杨溢之认出了韦小宝是桂公公，替他圆场化解了矛盾。韦小宝以他的聪明才智，令葛尔等人知难而退，只好离去。张康年传圣旨来到，原来康熙命令韦小宝上清凉寺当主持，实则是从少林寺绕个圈，再带些人去保护顺治，这样不容易引人注目。
韦小宝到山下接到双儿一起前赴五台山清凉寺，五台山的清凉寺被数千名道士包围，目的是活捉行痴大师（顺治帝），小宝只好施行金蝉脱壳之计，假扮道士带行痴…
韦小宝以免左右做人难，决定连夜率妻儿离开京城。康熙突感韦小宝的种种异常，派人查看时，却发现韦小宝府上空无一人。康熙下令让多隆追缉韦小宝。正巧碰到天地会派顾炎武等人来劝说韦小宝做皇帝，被韦小宝拒绝。韦小宝见多隆有意放自己一条生路，也配合多隆演了一出诸葛亮火烧藤甲兵，让多隆好和皇上交差。
康熙和韦小宝想念，二人相互道出真心话。康熙又封多隆为江南水利稽查南下调剂，希望能找回韦小宝。
韦小宝带着七个老婆来到扬州丽春院，见过母亲韦春花。又带着母亲…