第三季跟第二季时空相隔三年，反恐小组的托尼跟米歇尔结婚了，杰克的女儿金加入了反恐小组当电脑分析员，跟父亲下属切斯发生了感情；令人意外的是杰克为调查毒贩当卧底不幸染上毒瘾；总统帕尔玛康复后身边多了个私人医生女友，而总统的弟弟韦恩则成为他的得力助手，面对连任的压力，又要化解生化危机。 

故事一开始，一具被病毒污染的尸体被送进了洛杉矶，除非释放刚被送入监狱的墨西哥贩毒集团头目雷蒙·萨拉扎，否则城市里就会有大批受害者。在洛杉矶，帕尔玛正在为选举造势，以击败对手参议员Keeler。尽管总统三年以来身体状况良好，但是他的兄弟兼助手韦恩·帕姆发现他好像有气短的毛病。帕姆总统只同意让自己的私人医生安·派克来看看。安和帕姆在非常浪漫的情况下堕入爱河。韦恩是惟一一个对竞选异常热衷的人，尽管帕尔玛不希望韦恩对这次竞选的策略处心积虑地安排，但是也不能阻止他这样“敬业”。而此时，Keeler打算以披露安的故事来狠狠打击他。病毒加政治危机，这24小时里，主人公的日子仍旧不好过。 

第三季（2003－2004）发生在上一季两年之后。中心剧情为：恐怖份子将一种致命病毒在洛杉矶散布开来，同时总统正在为第二任竞选准备。本季剧情从下午1点（洛杉矶时间）开始，第二天下午1点结束。与前两季不同，本季结尾没有突然的剧情峰回路转，不过剧中发生了几件影响《24》走向的事件。第一季最成功的地方之一，就在于任何角色都可能是内奸，极大地激发了观众的兴趣。为了找回这种感觉，也为了重新调整剧集方向，制片人决定在第四季启用新一批演员班底，因此很多影迷将前三季看作是完整的三部曲。